Ficha personal - Domingo Savio Rodríguez Baena


Nota: El investigador no está asociado a ningún departamento de la Universidad de Sevilla pero forma parte de un Grupo de Investigación.

Domingo Savio Rodríguez Baena
Perfil en ORCID: 0000-0001-9801-9364

Grupo de Investigación: TIC-239 Intelligent Data Analysis

Participa en los siguientes proyectos/ayudas en la US:

  • Proyecto de investigación:
    • Técnicas emergentes de minería de datos para la extracción de conocimiento de grandes volúmenes de información: aplicación a datos científicos e industriales (TIN2004-00159 - Investigador)
    • Definición de diseño de un sistema de métricas para la valoración y estimación de proyectos de ingeniería del software (TIC2001-1143-C03-02 - Becario)

  • Ayuda a la investigación:
    • Ayuda a la Consolidación del Grupo de Investigación TIC-134 (2005/TIC-134 - Investigador)

Cobertura de la base de datos de proyectos, véase aqui


Publicaciones:

Libros
Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Extraccion y Validacion de Biclusters a Partir de Bases de Datos Binarios. Santander (ESPAÑA). 2012. 211. ISBN 84-615-7287-4

Capítulos en Libros
Delgado Chaves, Fernando Miguel, Gómez Vela, Francisco Antonio, Garcia Torres, Miguel, Divina, Federico, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Computational analysis of the global effects of Ly6E gene ablation in the immune response to murine coronavirus using gene co-expression networks. Pag. 161-194. En: Computational Methods for the Analysis of Genomic Data and Biological Processes. Mdpi. 2021. ISBN 978-3-03943-772-6

Gómez Vela, Francisco Antonio, López Fernández, Aurelio, Lagares Rodríguez, José Antonio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Barranco González, Carlos David, et. al.:
Bioinformatics from a Big Data Perspective: Meeting the Challenge. Pag. 349-359. En: Lecture Notes in Computer Science. Springer, Cham. 2017. ISBN 978-3-319-56153-0

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Frequent Pattern Mining Definition. En: Encyclopedia of Systems Biology-Springer. 2012. ISBN 978-1-4419-9863-7

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Gene Association Analysis Definition. En: Encyclopedia of Systems Biology. 2012. ISBN 978-1-4419-9863-7

Rodríguez Baena, Domingo Savio, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador:
Pattern recognition in biological time series. Vol. 7023. Pag. 164-172. 2011. ISBN 978-3-642-25273-0

Díaz Díaz, Norberto, Gómez Vela, Francisco Antonio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador:
Gene Regulatory Networks Validation Framework based in KEGG. Pag. 279-286. En: Lecture Notes in Artificial Intelligence. 2011. ISBN 978-3-642-21221-5

Rodríguez Baena, Domingo Savio, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Díaz Díaz, Norberto, Nepomuceno Chamorro, Isabel de los Angeles:
Discovering Alpha-Patterns in Gene Expression Data. Vol. 4881. Pag. 831-839. En: Lecture Notes in Computer Science. 2007. ISBN 16113349

Díaz Díaz, Norberto, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Nepomuceno Chamorro, Isabel de los Angeles, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador:
Neighborhood-based Clustering of Gene-Gene Interactions. En: Lecture Notes in Computer Science. 2006. ISBN 3-540-45485-3

Publicaciones en Revistas
Divina, Federico, Garcia Torres, Miguel, Gómez Vela, Francisco Antonio, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
A stacking ensemble learning for Iberian pigs activity prediction: a time series forecasting approach. En: AIMS Mathematics. 2024. Vol. 9. Núm. 5. Pag. 13358-13384. https://www.aimspress.com/article/id/6617bd98ba35de0f2f9863cf

López Fernández, Aurelio, Gómez Vela, Francisco Antonio, Del Saz, Dulcenombre de María, Delgado Chaves, Fernando, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Optimized Python library for reconstruction of ensemble-based gene co-expression networks using multi-GPU. En: Journal of Supercomputing. 2024. Pag. 1-35. 10.1007/s11227-024-06127-4

Figueroa Martínez, Julia, Del Saz, Dulcenombre de María, López Fernández, Aurelio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Gómez Vela, Francisco Antonio:
Computational Ensemble Gene Co-Expression Networks for the Analysis of Cancer Biomarkers. En: Informatics. 2024. Vol. 11. Núm. 2. 10.3390/informatics11020014

Del Saz, Dulcenombre de María, López Fernández, Aurelio, Gómez Vela, Francisco Antonio, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
CyEnGNet-App: A new Cytoscape app for the reconstruction of large co-expression networks using an ensemble approach. En: SoftwareX. 2024. Vol. 25. https://doi.org/10.1016/j.softx.2024.101634

Diaz Ordoñez, Manuel, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Yun Casalilla, Bartolome:
A new approach for the construction of historical databases¿NoSQL Document-oriented databases: the example of AtlantoCracies. En: Digital Scholarship in the Humanities. 2023. https://doi.org/10.1093/llc/fqad033

López Fernández, Aurelio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Gómez Vela, Francisco Antonio, Divina, Federico, Garcia Torres, Miguel:
A multi-GPU biclustering algorithm for binary datasets. En: Journal of Parallel and Distributed Computing. 2021. Vol. 147. Pag. 209-219. 10.1016/j.jpdc.2020.09.009

López Fernández, Aurelio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Gómez Vela, Francisco Antonio:
gMSR: A Multi-GPU Algorithm to Accelerate a Massive Validation of Biclusters. En: Electronics. 2020. Vol. 9. 10.3390/electronics9111782

Delgado Chaves, Fernando Miguel, Gómez Vela, Francisco Antonio, Divina, Federico, Garcia Torres, Miguel, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Computational Analysis of the Global Effects of Ly6E in the Immune Response to Coronavirus Infection Using Gene Networks. En: Genes. 2020. Vol. 11. Núm. 7. 10.3390/genes11070831

Rodríguez Baena, Domingo Savio, Gómez Vela, Francisco Antonio, Garcia Torres, Miguel, Divina, Federico, Barranco González, Carlos David, et. al.:
Identifying livestock behavior patterns based on accelerometer dataset. En: Journal of Computational Science. 2020. https://doi.org/10.1016/j.jocs.2020.101076

Gómez Vela, Francisco Antonio, Delgado Chaves, Fernando Miguel, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Garcia Torres, Miguel, Divina, Federico:
Ensemble and Greedy Approach for the Reconstruction of Large Gene Co-Expression Networks. En: Entropy : An International and Interdisciplinary Journal of Entropy and Information Studies. 2019. Vol. 21. Núm. 12. Pag. 1-24. https://www.mdpi.com/1099-4300/21/12/1139

López Fernández, Aurelio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Gómez Vela, Francisco Antonio, Díaz Díaz, Norberto:
BIGO: A web application to analyse gene enrichment analysis results. En: Computational Biology and Chemistry. 2018. Vol. 76. Pag. 168-179. 10.1016/j.compbiolchem.2018.06.006

Gómez Vela, Francisco Antonio, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Structure Optimization for Large Gene Networks Based on Greedy Strategy. En: Computational and Mathematical Methods in Medicine. 2018. Vol. 2018

Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Extracting and validating biclusters from binary datasets. En: AI communications. 2013. Vol. 26. Núm. 4. Pag. 417-418. 10.3233/Aic-130570

Gómez Vela, Francisco Antonio, Martínez Álvarez, Francisco, Barranco González, Carlos David, Díaz Díaz, Norberto, Rodríguez Baena, Domingo Savio, et. al.:
Pattern recognition in biological time series. En: Lecture Notes in Computer Science. 2011. Vol. 7023. Pag. 164-172. http://link.springer.com/chapter/10.1007%2F978-3-642-25274-7_17#

Rodríguez Baena, Domingo Savio, Perez Pulido, Antonio Jesus, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador:
A Biclustering Algorithm for Extracting Bit-Patterns from Binary Datasets. En: Bioinformatics. 2011. Vol. 27. Núm. 19. Pag. 2738-2745. 10.1093/bioinformatics/btr464

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Díaz Díaz, Norberto, Nepomuceno Chamorro, Isabel de los Angeles:
CarGene: Characterisation of sets of genes based on metabolic pathways analysis. En: International Journal of Data Mining and Bioinformatics. 2011. Vol. 5. Núm. 5. Pag. 558-573. 10.1504/Ijdmb.2011.043033

Alves, Ronnie, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador:
Review/Reseña: Gene Association Analysis: a Survey of Frequent Pattern Mining from Gene Expression Data. En: Briefings in Bioinformatics. 2010. Vol. 11. Núm. 2. Pag. 210-224. 10.1093/bib/bbp042

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Riquelme Santos, José Cristóbal:
Clustering Main Concepts from e-Mails. En: Lecture Notes in Computer Science. 2004. Vol. 3040. Pag. 231-240

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Mateos García, Daniel, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Meeting-Abstract: Evolutionary Neuroestimation of Fitness Functions. En: Lecture Notes in Computer Science. 2003. Vol. 2902. Pag. 74-83

Giráldez Rojo, Raúl, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Riquelme Santos, José Cristóbal, Ferrer Troyano, Francisco Javier, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Discretization Oriented to Decision Rule Generation. En: Frontiers in Artificial Intelligence and Applications. 2002. Vol. 82. Pag. 275-279

Ferrer Troyano, Francisco Javier, Giráldez Rojo, Raúl, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Riquelme Santos, José Cristóbal, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Local Nearest Neighbour by Competition. En: Frontiers in Artificial Intelligence and Applications. 2002. Vol. 82. Pag. 260-264

Otra participación en Libros de Actas
Díaz Díaz, Norberto (Editor/a), Rodríguez Baena, Domingo Savio (Editor/a):
III WS on Knowledge Extraction and Validation from Biomedical Databases (EVaBio¿11). 2011

Rodríguez Baena, Domingo Savio (Editor/a), Díaz Díaz, Norberto (Editor/a):
II Workshop Español Sobre Extracción y Validación de Conocimiento en Bases de Datos Biomédicas: Evab. 2009. Universidad de Sevilla. Santander (ESPAÑA)

Díaz Díaz, Norberto (Editor/a), Rodríguez Baena, Domingo Savio (Editor/a):
I Workshop Español Sobre Extracción y Validación de Conocimiento en Bases de Datos Biomédicas: Evabio 2007. 2007. ISBN 978-84-611-8854-3

Aportaciones a Congresos
Diaz Ordoñez, Manuel, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Descubriendo Patrones Ocultos: Aplicación de Biclustering en AtlantoCracies, una Base de Datos NoSQL de la nobleza española en América (Siglos XVI-XIX). Conferencia en Seminario no publicada. Seminario permanente: Los mundos ibéricos y la globalización temprana. Sevilla. 2024

Diaz Ordoñez, Manuel, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Yun Casalilla, Bartolome:
AtlantoCracies: a new approach to the use of databases in historical research. Ponencia en Congreso. 31st Annual Conference World History Association: distance, mobility and emigration. Bilbao. 2022

Diaz Ordoñez, Manuel, Milán Agudo, María Jesús, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Yun Casalilla, Bartolome:
AtlantoCracies: From relational to document-oriented data bases (Transatlantic nobilities in the early modern Spanish Monarchy). Sesión plenaria en Taller de trabajo. DataBases for the Study of Early Modern Elites in Europe and America. : Florencia (Italia). 2021

Gómez Vela, Francisco Antonio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Barranco González, Carlos David, Garcia Torres, Miguel, Divina, Federico:
Bioinformatics from a Big Data Perspective: Meeting the Challenge. Ponencia en Congreso. 5th International Work Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering 2017. , , , , , , . Facultad de Ciencias Universidad de Granada. 2017

López Fernández, Aurelio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Gómez Vela, Francisco Antonio:
Improving knowledge extraction from gene enrichment analysis. Comunicación en congreso. 4th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, IWBBIO 2016. Granada, Spain. 2015

López Fernández, Aurelio, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
BIGO, a tool to improve gene enrichment analysis in collections of genes. Comunicación en congreso. XII Symposium on Bioinformatics (XII Jornadas de Bioinformática). Sevilla, España. 2014

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Díaz Díaz, Norberto, Nepomuceno Chamorro, Isabel de los Angeles:
Cargene: Caracterización de un Conjunto de Genes Basado en el Análisis de Pathways Metabólicos. Comunicación en congreso. V Simposio de Teoría y Aplicaciones de Minería de Datos,. Valencia, España. 2010

García Gutiérrez, Jorge, Díaz Díaz, Norberto, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Martínez Álvarez, Francisco:
Software y Técnicas de Validación de Conocimiento en Bioinformática. Comunicación en congreso. Workshop Español Sobre Extracción y Validación de Conocimiento en Bases de Datos Biomédicas: Evabio 07. Salamanca, España. 2007. I Workshop Español Sobre Extracción y Validación de Conocimiento en Bases de Datos Biomédicas: Evabio 2007. 75. 84

Rodríguez Baena, Domingo Savio, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, García Gutiérrez, Jorge:
Análisis de Datos de Expresión Genética para la Obtención de Patrones Alfa. Comunicación en congreso. Taller de Minería de Datos y Aprendizaje: Tamida 2007. Zaragoza, España. 2007. Actas del V Taller de Minería de Datos y Aprendizaje: Tamida 2007. 265. 272

Martínez Álvarez, Francisco, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Troncoso Lora, Alicia, García Gutiérrez, Jorge:
Técnicas de Aprendizaje no Supervisado Aplicadas a Series Temporales de Datos de Expresión Genética. Comunicación en congreso. Workshop Español Sobre Extracción y Validación de Conocimiento en Bases de Datos Biomédicas: Evabio 07. Salamanca, España. 2007. I Workshop Español Sobre Extracción y Validación de Conocimiento en Bases de Datos Biomédicas: Evabio 2007. 55. 64

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Simovici, Dan:
Biclustering of Gene Expression Data Based on Local Nearness. Comunicación en congreso. Extraction Et Gestion Des Connaissances: Egc`2006. Lille, Francia. 2006. Extraction Et Gestion Des Connaissances: Egc`2006. 681. 692

Pontes Balanza, Beatriz, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Díaz Díaz, Norberto, Giráldez Rojo, Raúl:
Análisis de Datos de Expresión Genética. Comunicación en congreso. Jornadas de Automática. 2006. Actas de las XXVI Jornadas de Automática. 911. 918

Rodríguez Baena, Domingo Savio, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Riquelme Santos, José Cristóbal:
Minería de Textos y Datos Aplicadas a la Obtención de Ontologías a Partir de Mensajes de Correo Electrónico. Comunicación en congreso. Jornadas de Ingeniéria del Software y Bases de Datos . Alicante. 2003

Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Riquelme Santos, José Cristóbal:
Knowledge Extraction from e-Mail Texts. Comunicación en congreso. Asociación Española para la Inteligencia Artificial. Conferencia. San Sebastián. 2003. CAEPIA-TTIA 2003. X Conferencia de la Asocicación Española para la Inteligenciia Artificial. 129. 138

Giráldez Rojo, Raúl, Aguilar Ruiz, Jesus Salvador, Riquelme Santos, José Cristóbal, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
Discretization by Maximal Global Goodness. Comunicación en congreso. International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge Discovery. Singapore. 2002. Fuzzy Systems and Knowledge Discovery. 742. 746

Patentes:


Diaz Ordoñez, Manuel, Yun Casalilla, Bartolome, Rodríguez Baena, Domingo Savio:
AtlantoCracies. Derechos de autor. Solicitud: 2023-01-23

López Fernández, Aurelio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Gómez Vela, Francisco Antonio:
Bigo: una Aplicación Web para Analizar Datos de Analisis de Enriquecimiento de Genes. Derechos de autor. Solicitud: 2020-02-26

Gómez Vela, Francisco Antonio, Rodríguez Baena, Domingo Savio, Garcia Torres, Miguel, Divina, Federico, Delgado Chaves, Fernando Miguel:
EnGNet 1.0. Derechos de autor. Solicitud: 2020-02-26

Aram Worzella, Bethany, Díaz, Jorge, Almorza Hidalgo, Amelia, Rodríguez Baena, Domingo Savio, García Montón, Alejandro:
Modelo de datos interdisciplinar ArtEmpire/3C. Derechos de autor. Solicitud: 2017-07-28

Tesis dirigidas y co-dirigidas:


López Fernández, Aurelio:
Mejora de métodos de análisis de datos con aplicación en datos biomédicos. Tesis Doctoral. 2022

Vicerrectorado de Investigación. Universidad de Sevilla. Pabellón de Brasil. Paseo de las Delicias s/n. Sevilla