José María Santos Pereira
Email: Solicitar correo
Página personal: https://departamento.us.es/dbiocel/investigacion/esgendecel.htm
Perfil en ORCID: 0000-0003-3949-0644
Perfil en WOS: AAU-3928-2020
Perfil en Scopus: 55928709600
Perfil en Dialnet: 4416258
Otro enlace a Web de investigación: https://www.ibis-sevilla.es/es/investigacion/neurociencias/neurodesarrollo-y-enfermedades-neuropediatricas/

Grupo de Investigación: BIO-317 Desarrollo y Genomica Comparativa
Departamento/Unidad: Biología Celular
Situación profesional: Emergia (Posdoct. J.A.)

Responsable de los siguientes proyectos/ayudas en la US:

• Proyecto de investigación:
  • R loops reguladores y estructura 3D de la cromatina (CNS2023-143945)
  
  

Participa en los siguientes proyectos/ayudas en la US:

• Proyecto de investigación:
  • Inestabilidad Genómica Asociada a Transcripción e Híbridos DNA-RNA (BFU2013-42918-P - Equipo Trabajo (Memoria))
  • Origen de la Inestabilidad Cromosómica Asociada a Defectos en Transcripción y Replicación (P12-BIO-1238 - Investigador)
  • Roturas de ADN Asociadas a Replicación y Reparación por Recombinación de Genomas Eucarióticos (BFU2010-16372 - Investigador)
  • Bases Genéticas y Moleculares del Origen de la Inestabilidad Genomica en Eucariotas (P09-CVI-4567 - Otro Investigador)
  • Inestabilidad genómica (CSD2007-00015 - Contratado)
  • Genómica Funcional de la Interconexión Transcripción -Transporte de ARN (P07-CVI-02549 - Investigador)
  • European Network for the Functional Analysis of Yeast Genes Discovered by Systematic DNA Seguencing. Phase 2 (BIO4-CT97-2294 - Becario)
  
  
• Contrato con empresas (Arts. 68/83 LOU):
  • Saccharomyces cerevisiae recombinant strains for dodecanol production. (2399/0747 - Contratado)
  
  
• Ayuda a la investigación:
  • Incentivo al Grupo de Investigación BIO-102 (2011/BIO-102 - Investigador)
  • Incentivo al Grupo de Investigación BIO-102 (2010/BIO-102 - Investigador)
  • Ayuda a la Consolidación del Grupo de Investigación BIO-102 (2009/BIO-102 - Investigador)
  • Ayuda a la Consolidación del Grupo de Investigación BIO-102 (2007/BIO-102 - Contratado)
  
  

Cobertura de la base de datos de proyectos, véase aqui

Publicaciones:

Publicaciones en Revistas

Tena Aguilar, Juan Jesús, Santos Pereira, José María:
Review/Reseña: Topologically Associating Domains and Regulatory Landscapes in Development, Evolution and Disease. En: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 2021. Vol. 9. 10.3389/fcell.2021.702787

Franke, Martin, De la Calle Mustienes, Elisa, Neto, Ana, Almuedo, Maria, Irastorza, Ibai, et. al.:
CTCF knockout in zebrafish induces alterations in regulatory landscapes and developmental gene expression. En: Nature Communications. 2021. Vol. 12. Núm. 1. 10.1038/s41467-021-25604-5

Gallardo, Lourdes, Santos Pereira, José María, Tena Aguilar, Juan Jesús:
Functional Conservation of Divergent p63-Bound cis-Regulatory Elements. En: Frontiers in Genetics. 2020. Vol. 11. Núm. 339. 10.3389/fgene.2020.00339

Santos Pereira, José María, Gallardo, Lourdes, Neto, Ana, Domínguez Acemel, Rafael, Tena Aguilar, Juan Jesús:
Pioneer and repressive functions of p63 during zebrafish embryonic ectoderm specification. En: Nature Communications. 2019. Vol. 10. Núm. 1. 10.1038/s41467-019-11121-z

Gaillard, Helene, Santos Pereira, José María, Aguilera Lopez, Andres:
The Nup84 complex coordinates the DNA damage response to warrant genome integrity. En: Nucleic Acids Research. 2019. Vol. 47. Núm. 8. Pag. 4054-4067. 10.1093/nar/gkz066

Santos Pereira, José María, Muñoz Galvan, Sandra:
Review/Reseña: Biomarkers of colorectal cancer: a genome-wide perspective. En: Cancer Translational Medicine. 2016. Vol. 2. Núm. 6. Pag. 182-188. 10.4103/2395-3977.196911

Gavaldá Martín, Sandra, Santos Pereira, José María, Garcia Rubio, Maria Luisa, Luna Varo, Rosa Maria, Aguilera Lopez, Andres:
Excess of Yra1 RNA-Binding Factor Causes Transcription-Dependent Genome Instability, Replication Impairment and Telomere Shortening. En: PLoS Genetics. 2016. Vol. 12. Núm. 4. doi: 10.1371/journal.pgen.1005966

Santos Pereira, José María, Aguilera Lopez, Andres:
Review/Reseña: R loops: new modulators of genome dynamics and function. En: Nature Reviews. Genetics. 2015. Vol. 16. Núm. 10. Pag. 583-597. 10.1038/nrg3961

Santos Pereira, José María, Garcia Rubio, Maria Luisa, González Aguilera, Cristina, Luna Varo, Rosa Maria, Aguilera Lopez, Andres:
A genome-wide function of THSC/TREX-2 at active genes prevents transcription-replication collisions. En: Nucleic Acids Research. 2014. Vol. 42. Núm. 19. Pag. 12000-12014

Santos Pereira, José María, Herrero, Ab, Moreno, Sergio, Aguilera Lopez, Andres:
Npl3, a new link between RNA-binding proteins and the maintenance of genome integrity. En: Cell Cycle. 2014. Vol. 13. Núm. 10. Pag. 1524-1529

Santos Pereira, José María, Herrero, Ab, Garcia Rubio, Maria Luisa, Marin Rodriguez, Antonio, Moreno, Sergio, et. al.:
The Npl3 hnRNP prevents R-loop-mediated transcription-replication conflicts and genome instability. En: Genes & Development. 2013. Vol. 27. Núm. 22. Pag. 2445-2458

Castellano Pozo, Maikel, Santos Pereira, José María, García Rondón, Ana, Barroso Ceballos, Sonia Ines, Andujar Pulido, Eloisa, et. al.:
R loops are linked to histone H3 S10 phosphorylation and chromatin condensation. En: Molecular Cell. 2013. Vol. 52. Núm. 4. Pag. 583-590

Aportaciones a Congresos

Moreno Pérez, Antonio Javier, Santos Pereira, José María, Troncoso Ponce, Manuel Adrián, Garcés Mancheño, Rafael, Salas Liñán, Joaquín Jesús, et. al.:
Genome-wide mapping of histone H3 lysine 4 trimethylation (H3K4me3) in Helianthus annuus developing seeds. Poster en Congreso. 17th Euro Fed Lipid Congress and Expo. ¿Oils, Fats and Lipids: Driving Science and Technology to new Horizons. Seville, Spain. 2019

Santos Pereira, José María, Gallardo, Lourdes, Neto, Ana, Domínguez Acemel, Rafael, Tena Aguilar, Juan Jesús:
Roles of p63 during ectoderm specification. Ponencia en Congreso. International p53/p63/p73 Isoforms Workshop. Dubrovnik , Croatia. 2019

Santos Pereira, José María, Domínguez Acemel, Rafael, Gómez Skarmeta, José Luis, Tena Aguilar, Juan Jesús:
Uncovering novel targets for p63-related hereditary malformations. Poster en Congreso. Gene-Regulatory Systems in Development. Carmona (Sevilla). 2017

Gavaldá Martín, Sandra, Garcia Rubio, Maria Luisa, Salas Armenteros, Irene, Santos Pereira, José María, Luna Varo, Rosa Maria, et. al.:
Coordinated action of RNA-binding factors and chromatin remodeling in genome function and dynamics. Ponencia en Congreso. EMBO Conference Series: Gene Transcription in Yeast: From chromatin to RNA and back. San Feliu de Guixols, España. 2016

Santos Pereira, José María:
Uncovering novel therapeutic targets for p63-related hereditary malformations. Ponencia en Congreso. Workshop "Steps towards personalized therapy: functional genomics, genetic screenings and animal models". Baeza, BAEZA (JAÉN) UNIVERSIDAD INTERNACIONAL DE ANDALUCÍA (UNIA). 2016

Santos Pereira, José María, Tena Aguilar, Juan Jesús:
Uncovering novel therapeutic targets for p63-related hereditary malformations. Poster en Congreso. Workshop "Steps towards personalized therapy: functional genomics, genetic screenings and animal models". Baeza, BAEZA (JAÉN) UNIVERSIDAD INTERNACIONAL DE ANDALUCÍA (UNIA). 2016

Santos Pereira, José María, Tena Aguilar, Juan Jesús:
Uncovering novel therapeutic targets for p63-related hereditary malformations. Poster en Congreso. 11th Meeting Spanish Society for Developmental Biology (SEBD). Girona, España. 2016

Gaillard, Helene, Santos Pereira, José María, Aguilera Lopez, Andres:
New roles for the yeast Nup84 complex in nucleotide excision repair and replication of damaged DNA. Comunicación en congreso. Gordon Research Conferences: Mechanisms of Mutagenesis and Genome Alterations. Girona, España. 2016

Gaillard, Helene, Santos Pereira, José María, Aguilera Lopez, Andres:
New roles for the yeast Nup84 complex in nucleotide excision repair and replication of damaged DNA. Ponencia en Congreso. DINGO Days: Replication stress, genetic instability and cancer. Paris, Francia. 2016

Santos Pereira, José María, Garcia Rubio, Maria Luisa, González Aguilera, Cristina, Luna Varo, Rosa Maria, Aguilera Lopez, Andres:
A genome-wide function of THSC/TREX-2 at active genes prevents transcription-replication collisions. Poster en Congreso. RNA Meets DNA: on the Road to Genome Instability. 2014

Santos Pereira, José María, Andujar Pulido, Eloisa, Pérez Alegre, Mónica, Aguilera Lopez, Andres:
Functional analyses in whole genomes and sequencing. Ponencia en Taller de trabajo. 2nd Sevinomics Workshop: Omics studies and services in Seville. 2014

Castellano Pozo, Maikel, Herrera Moyano, Emilia, Garcia Rubio, Maria Luisa, Mergui, Xenia, Santos Pereira, José María, et. al.:
Chromatin structure as a mediator of transcription and R-loop associated recombination. Comunicación en congreso. 12th European Conference on Fungal Genetics. 2014

Santos Pereira, José María, Herrero, Ab, Garcia Rubio, Maria Luisa, Marin Rodriguez, Antonio, Moreno, Sergio, et. al.:
A new role for NpI3 hnRNP preventing genome instability. Poster en Congreso. UNIA ¿ The regulatory roles of ncRNA. Baeza, España. 2013

Castellano Pozo, Maikel, Herrera Moyano, Emilia, Garcia Rubio, Maria Luisa, Mergui, Xenia, Santos Pereira, José María, et. al.:
Chromatin structure as a mediator of transcription and R-loop associated recombination. Comunicación en congreso. FASEB Science Research Conferences on Genetic Recombination and Genome Rearrangements. Steamboat Springs, CO, USA. 2013

Castellano Pozo, Maikel, Felipe Abrio, Irene, Garcia Rubio, Maria Luisa, Lafuente Barquero, Juan Francisco, Santos Pereira, José María, et. al.:
Replication impairment as a source of transcription and R-loop-associated recombination. Comunicación en congreso. Albany 2013: The 18th Conversation. Biomolecular Structure and Dynamic. Albany, NY, USA. 2013

Felipe Abrio, Irene, Garcia Rubio, Maria Luisa, Lafuente Barquero, Juan Francisco, Santos Pereira, José María, Aguilera Lopez, Andres:
Replication impairment as a source of transcription and R-loop-associated genome instability. Comunicación en congreso. Workshop ¿Celebrating the 50th anniversary of the replicon theory. Paris, Francia. 2013

Santos Pereira, José María, Aguilera Lopez, Andres:
Exploring the Role of the Nup84 Subcomplex in the Maintenance of Genome Integrity. Ponencia en Congreso. 25th International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology. Polonia. 2011. 25th International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology. 0. 0

Santos Pereira, José María, Aguilera Lopez, Andres:
Nuevas Conexiones Entre la Expresión Génica y la Reparación de Roturas Cromosomicas en Saccharomyces Cerevisiae. Poster en Congreso. XXXVII Congreso de la Sociedad Española de Genetica. Torremolinos,Malaga. 2009. XXXVII Congreso de la Sociedad Española de Genetica. 0. 0